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課程基本資料

系所 / 年級Department/Grade-Level

生物醫學研究所博士班 1年級

課號 / 班別Course Code

D4D000085 / A

學分數Credits

2 學分

選 / 必修Elective / Required

選修(Elective)

科目中文名稱Course Title (Chinese)

進階計算生物學

科目英文名稱Course Title (English)

Advanced computational biology

負責教師Instructor

陸志豪(Chih-Hao Lu)

開課期間Course Load

一學期

人數上限Enrollment Max.

20 人

已選人數Enrollment Taken

2 人

抽籤自動遞補等候人數Number of the waiting list after ballot

0 人

備註Memo

無。

可選學制 (availability)

大學部

不可選

二技部

不可選

碩士班

不可選

博士班

1年級至4年級

修讀他所『碩士班可供博士班下修課程』是否認列為博士班畢業學分，請先向所屬研究所確認，以免日後所修學分不予認列。

請各位同學遵守智慧財產權觀念；請勿非法影印。

教學綱要

課程概述Course Description

「進階計算生物學」這門課主要在教導學生結合網路上的工具及親自撰寫電腦程式來進行一些計算生物學上的研究。

教學目標Course Objectives

「進階計算生物學」這門課主要在教導學生結合網路上的工具及親自撰寫電腦程式來進行一些計算生物學上的研究，所以在課程的開始主要在加強程式語言撰寫的技巧以及如何與現有的工具做連結，之後我們將分別針對以下課題進行探討，其中包括，序列比對、多重序列比對、分群分類法、蛋白質能量計算、交互作用區域偵測、機器學習以及基因演算法等。學生必須透過實際撰寫程式的研究方法製作期末專題，以對計算生物學進行深入的研究。 The course is a practical, hands-on approach to the field of computational molecular biology. Various existing methods will be critically described and the algorithm of each will be discussed. For example, dynamic programming, sequence alignment, multiple sequence alignment, clustering, calculation of potential energy, binding site detection, machine learning method and genetic algorithm. Students will have practical assignments utilizing the tools described and have a final project of computational molecular biology.

先修科目Prerequisites

教學方式Teaching Methods

講課 Lecturing 腦力激盪 Brain storming 學生實作 Student hands-on practice 習題練習 Exercise

評量方式Assessment

實作測驗 Practical exam 隨堂筆試測驗 In-class exam 專題報告 Project report

參考書目Reference

1. Introduction to Computational Molecular Biology : 1997, edited by Joao Carlos Setubal, Joao Meidanis 2. Computational Molecular Biology (An Algorithmic Approach) : 2000, edited by Pavel A. Pevzner

教學進度Course Schedule

2018/09/10 基本程式設計 Basic programming 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/09/17 陣列與排序 Array and sorting 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/09/24 中秋節放假 Holiday 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/10/01 檔案處理 File processing 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/10/08 邏輯與演算法 Logic and algorithm 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/10/15 序列比對 Sequence alignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/10/22 分群分類方法 Clustering methods 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/10/29 序列比對與多重序列比對 Sequence alignment and Multiple sequence alignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/11/05 蛋白質結構檔案的讀取 PDB parser 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/11/12 原子間距離、角度、雙面角的計算 Calculation of distance, angle and torsion angle 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/11/19 蛋白質中能量的計算 Calculation of potential energy 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/11/26 蛋白質與小分子的交互作用區域偵測 Protein binding site detection 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/12/03 蛋白質與小分子的交互作用區域偵測 Protein binding site detection 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/12/10 機器學習在生物資訊上的應用 Application of Machine learning methods in bioinformatics 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/12/17 機器學習在生物資訊上的應用 Application of Machine learning methods in bioinformatics 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/12/24 基因演算法 Genetic algorithm 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2018/12/31 元旦彈性放假 Holiday 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2019/01/07 期末專題報告 Final project report 陸志豪(Chih-Hao Lu)