課程基本資料
系所 / 年級Department/Grade-Level
基礎醫學研究所碩士班 1年級
課號 / 班別Course Code
82M000452 / A
學分數Credits
3 學分
選 / 必修Elective / Required
選修(Elective)
科目中文名稱Course Title (Chinese)
計算生物學
科目英文名稱Course Title (English)
Computational biology
負責教師Instructor
陸志豪(Chih-Hao Lu)
開課期間Course Load
一學期
人數上限Enrollment Max.
20 人
已選人數Enrollment Taken
10 人
抽籤自動遞補等候人數Number of the waiting list after ballot
0 人
備註Memo
無。
可選學制 (availability)
大學部
不可選
二技部
不可選
碩士班
1年級 至3年級
博士班
不可選

修讀他所『碩士班可供博士班下修課程』是否認列為博士班畢業學分,請先向所屬研究所確認,以免日後所修學分不予認列。

請各位同學遵守智慧財產權觀念;請勿非法影印。

教學綱要
課程概述Course Description
教學目標Course Objectives
計算生物學這門課主要在教導學生親自撰寫電腦程式來研究一些計算生物學上的演算法與研究課題,所以在課程的開始會先教導一些程式撰寫技巧,接著在課堂上我們將會介紹並演練序列比對、多重序列比對、結構比對、分群分類方法以及機器學習等課題。學生透過實際撰寫程式的研究方法並製作期末專題,必會對計算生物學有深刻的認知。 The course is a practical, hands-on approach to the field of computational molecular biology. Basic programming skill will be taught in the beginning of this course. Various existing methods will be critically described and the algorithm of each will be discussed. For example, dynamic programming, sequence alignment, multiple sequence alignment, clustering and machine learning method. Students will have practical assignments utilizing the tools described and have a final project of computational molecular biology.
先修科目Prerequisites
教學方式Teaching Methods
評量方式Assessment
Homework (30%), Midterm (20%) and Final project (50%)
參考書目Reference
1. Introduction to Computational Molecular Biology : 1997, edited by Joao Carlos Setubal, Joao Meidanis 2. Computational Molecular Biology (An Algorithmic Approach) : 2000, edited by Pavel A. Pevzner
教學進度Course Schedule
2015/09/15 計算生物學簡介 Introduction to computational biology 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/09/22 基本程式設計介紹 Basic programming 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/09/29 堆疊,佇列與排序 Stack, queue, and sorting 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/10/06 字串,圖論與演算法 String, graphs, and algorithm 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/10/13 兩條序列比對演算法 Pairwise sequence alignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/10/20 Blast and psi-blast 的安裝與使用 Blast and psi-blast 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/10/27 讀取PDB檔案的程式撰寫 PDB parser 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/11/03 距離,角度,雙面角的計算 Calculation of distance, angle and torsion angle 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/11/10 期中專題報告 Midterm 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/11/17 結構比對 Structure comparison and alignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/11/24 支持向量機器的實作 Support vector machine 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/12/01 類神經網絡與隱藏馬可夫模型 Hidden markov model and neural network 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/12/08 分類分群方法 Clustering methods 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/12/15 多重序列比對 Multiple sequence alignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/12/22 多重序列比對 Multiple sequence alignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2015/12/29 演化樹的繪製 Evolutionary trees 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2016/01/05 元旦放假 Holiday 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2016/01/12 期末專題報告 Final project report 陸志豪(Chih-Hao Lu)