課程基本資料
系所 / 年級Department/Grade-Level
基礎醫學研究所碩士班 1年級
課號 / 班別Course Code
82M000451 / A
學分數Credits
2 學分
選 / 必修Elective / Required
選修(Elective)
科目中文名稱Course Title (Chinese)
結構生物資訊
科目英文名稱Course Title (English)
Structural bioinformatics
負責教師Instructor
陸志豪(Chih-Hao Lu)
開課期間Course Load
一學期
人數上限Enrollment Max.
20 人
已選人數Enrollment Taken
6 人
抽籤自動遞補等候人數Number of the waiting list after ballot
0 人
備註Memo
無。
可選學制 (availability)
大學部
不可選
二技部
不可選
碩士班
1年級 至3年級
博士班
不可選

修讀他所『碩士班可供博士班下修課程』是否認列為博士班畢業學分,請先向所屬研究所確認,以免日後所修學分不予認列。

請各位同學遵守智慧財產權觀念;請勿非法影印。

教學綱要
課程概述Course Description
Introduction to structural bioinformatics Fundamentals of protein structure The Protein Data Bank Molecular visualization Structure-based databases Protein evolution and the SCOP database The CATH domain structure database Structure quality assurance Midterm (Oral Presentation) Structure comparison and alignment Secondary structure assignment Identifying structural domain and function in proteins Prediction of protein-protein interaction Principles and methods of docking and ligand design Homology modeling Fold recognition method Prediction in 1D : secondary structure, membrane helices and accessibility Final project
教學目標Course Objectives
「結構生物資訊」是以結構的角度對蛋白質進行生物資訊之研究。課程除了介紹數種在網路相關的分析工具以及資料庫,例如: Protein Data Bank (PDB) (存放蛋白質結構的資料庫)、DSSP (介紹蛋白質二級結構的資料庫)、SCOP and CATH (依照蛋白質結構分類的資料庫)、Rasmol和Pymol (顯示蛋白質結構的視覺化軟體) 外;還會介紹結構生物資訊最新、最熱門的研究主題以及目前發展的現況,其中包括structure comparison and alignment (蛋白質結構比對)、homology modeling (利用蛋白質同源模擬結構)、 fold recognition (蛋白質摺疊辨識法) 以及 structural prediction (蛋白質結構預測)。本課程的目標在於讓學生認識各種蛋白質結構在生物資訊上的議題,且能利用所教授的軟體與資料庫來進行專題研究。 The purpose of this course will focus on the issues of the Structural bioinformatics. Various tools and databases that are well developed and published on the websites will be introduced. These databases or tools include Protein Data Bank (PDB), Protein structure (DSSP), Structural Classification of Protein (SCOP and CATH), Rasmol and Pymol. The students are required using the public software or databases to answer the questions that the lecturer assigns, including finding structure, structure comparison and alignment, homology modeling, fold recognition and structural prediction.
先修科目Prerequisites
none
教學方式Teaching Methods
評量方式Assessment
Midterm (40%) and Final project(60%)
參考書目Reference
Structural Bioinformatics: 2003, edited by Philip E. Bourne, Helge Weissig
教學進度Course Schedule
2014/02/18 結構生物資訊學入門 Introduction to structural bioinformatics 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/02/25 PDB (蛋白質資料銀行) Protein Data Bank 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/03/04 分子結構視覺化 Molecular visualization 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/03/11 分子結構視覺化 Molecular visualization 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/03/18 蛋白質結構之相關資料庫 Structure-based databases 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/03/25 蛋白質演化與蛋白質結構分類SCOP資料庫 Protein evolution and the SCOP database 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/04/01 辨識蛋白質結構的品質與動態特性 Structure quality assurance 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/04/08 蛋白質結構比對 Structure comparison and alignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/04/15 期中考 Midterm 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/04/22 蛋白質二級結構分類 Secondary structure assignment 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/04/29 辨認蛋白質功能區域 Identifying structural domain and function in proteins 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/05/06 預測蛋白質交互作用 Prediction of protein-protein interaction 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/05/13 藥物及接合子對接之準則及方法 Principles and methods of docking and ligand design 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/05/20 三級結構預測之同源模擬 Homology modeling 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/05/27 蛋白質摺疊辨識法 Fold recognition method 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/06/03 從蛋白質序列中預測二級結構,膜蛋白螺旋及親水性 Prediction in 1D : secondary structure, membrane helices and accessibility 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/06/10 分子模擬 Molecular simulation 陸志豪(Chih-Hao Lu)
2014/06/17 期末專題 Final project 陸志豪(Chih-Hao Lu)
核心能力指標
院核心能力指標或通識教育核心能力指標
    人文關懷與社會服務之能力
    人際關係與溝通技巧之能力
    主動學習與自我改進之能力
    前瞻生命科學與健康維護之能力
    專業知能與倫理素養之能力
校核心能力指標 沒有資料